Departemen Fisika FMIPA UB dipimpin oleh Ketua Departemen dan dibantu oleh seorang Sekretaris yang dipilih secara demokratis pada rapat yang dihadiri oleh dosen dan karyawan.
Dalam menyelenggarakan aktivitas program studi, Ketua Departemen dibantu oleh Kepala Laboratorium untuk melaksanakan kegiatan praktikum dan Tata Usaha (TU) untuk melaksnakan kegiatan yang berkaitan dengan keadministrasian baik akademik maupun kemahasiswaan.
Berikut bagan struktur Organisasi Departemen Fisika FMIPA Universitas Brawijaya: